São órgãos da UNIVESP o Conselho de Curadores, a Presidência da Fundação, o Conselho Técnico-Administrativo e o Conselho Fiscal.
Conselho de Curadores
Órgão superior da Fundação, composto pelo Presidente da UNIVESP e por mais cinco membros titulares e respectivos suplentes, designados pelo Governador do Estado para mandato de quatro anos, com possibilidade de recondução pelo mesmo período, e escolhidos dentre pessoas indicadas, em listas tríplices, pela Secretaria de Desenvolvimento Econômico; pelo Conselho de Reitores das Universidades Estaduais de São Paulo - CRUESP; pelo Centro Estadual de Educação Tecnológica Paula Souza - CEETEPS; pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo – FAPESP, e por entidades federativas de representação empresarial do Estado de São Paulo.
UNIVESP
Marcos Borges (presidente)
SECRETARIA DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA E INOVAÇÃO
Vahan Agopyan (titular)
Thiago Rodrigues Liporaci (suplente)
CRUESP
Pasqual Barretti (titular)
Carlos Gilberto Carlotti Junior (suplente)
CENTRO PAULA SOUZA- CEETEPS
Laura Laganá (titular)
Emilena Josimari Lorenzon Bianco (suplente)
FAPESP
Ignácio Maria Poveda Velasco (titular)
Ronaldo Aloise Pilli (suplente)
FECOMERCIO
Alcir Vilela Júnior (titular)
Luciana Aparecida dos Santos (suplente)
Conselho Técnico-Administrativo
Órgão executivo da Fundação, composto pelo Presidente, Diretor Acadêmico e Diretor Administrativo da UNIVESP, os quais são escolhidos pelo Governador para mandato de quatro anos, com possibilidade de recondução pelo mesmo período, sendo o Presidente designado dentre pessoas que satisfaçam os requisitos fixados pelo estatuto da instituição, e os Diretores dentre integrantes de listas tríplices submetidas pelo Conselho Curador.
PRESIDENTE
Marcos Borges
DIRETORA ACADÊMICA
Lubienska Jaquiê Ribeiro
DIRETOR ADMINISTRATIVO
Robson Giordano da Silva
Conselho Fiscal
Órgão de controle interno da Fundação, composto por três membros titulares e respectivos suplentes, designados pelo Governador para mandato de dois anos, com possibilidade de recondução pelo mesmo período
Secretaria de Ciência Tecnologia e Inovação (SCTI)
Stephanie Yukie Hayakawa da Costa (titular)
Helber Röhm (suplente)
Secretaria de Governo e Relações Institucionais
Rubens Emil Cury (titular)
Luciana Souza Damasceno Casa (suplente)
Casa Civil
Vivianne Wanderley Araújo Tenório (titular)
Sérgio Isamu Fujioka (suplente)